Структурно в состав Института входит одно
отделение, 5 отделов, 2 центра и 2 лаборатории прямого подчинения
(всего в вышеперечисленных подразделениях 14 лабораторий):
Отделение перспективных лазерных технологий (г.Троицк)
Отдел интеллектуальных оптико-информационных систем
Отдел лазерной оптики
Отдел информационных технологий
Отдел главного конструктора
Отдел международного сотрудничества
Научно-исследовательский центр по технологическим лазерам
Научно-образовательный центр "Лазеры, оптика, информатика" при ИПЛИТ РАН
Лаборатория лазерной диагностики и управления процессами в твердом теле
Лаборатория математического моделирования лазерных процессов